治疗目的是缓解阴道症状和体征。治疗原则是：①无症状者无须治疗;②性伴侣不必治疗;③妊娠期BV应积极治疗;④子宫内膜活检、宫腔镜、IUD放置、子宫输卵管碘油造影检查、刮宫术等应在术前积极治疗。
1.甲硝唑 首选药物，甲硝唑有助于BV患者重建正常阴道内环境。CDC(美国疾病控制中心)的推荐方案是：甲硝唑500mg口服，1日2次，或400mg口服，1日3次，一共7日，治愈率达82%—97%。有人建议最好连续服用3个疗程，效果较好。备用方案有：甲硝唑2g单次顿服，治愈率47%-85%。此外尚有阴道上药，即给200mg栓剂，每日l枚，7-10次为1疗程，或0.75%甲硝唑软膏(5g)置于阴道内，每日2次，5—7天为一疗程。有报道用口服及阴道上药，疗效可达97%。
甲硝唑对厌氧菌是一种非常有效的药物，它通过进入到细菌细胞内部，减少其硝基而起作用。在其代谢过程中，会形成破坏细菌DNA的细胞毒性中间产物(自由基);该药几乎可以完全在消化道吸收，经口服给药后，血浆中的药物浓度可以达到静脉给药的水平。也有研究显示，甲硝唑的代谢产物对某些兼性厌氧菌如大肠杆菌亦有效。
2.氯林可霉素 对厌氧菌及加德纳菌均有效，可适用于孕妇，用法为口服每次300mg，每日2次，连服7天，有效率可达97%，尤其适用于妊娠期BV患者及甲硝唑治疗失败或不能耐受者。也有用阴道上药，即用1%或2%氯林可霉素油膏涂擦阴道，每日1次，7日为一疗程。
3.氨苄青霉素 口服，每次500mg，每6小时1次，5-7日为l疗程。
4.1%过氧化氢液冲洗阴道，每日1次，7日为一疗程;乳酸(pH3.5)5mi置人阴道内，每日1次，7日为一疗程。
5.对于混合感染如合并滴虫性、念珠菌性阴道炎患者，可采用爱宝疗(聚甲酚磺醛)阴道栓l枚，每日1次，或保菌清阴道栓(含硫酸新霉素、多粘菌素B、制霉菌素、乙酰胂胺)l枚，每日1次，6日为一疗程。
6.妊娠期BV的治疗 对妊娠期细菌性阴道病的病人，不推荐口服甲硝唑，但可用克林霉素300mg，每日2次，共7日。亦可局部使用0.75%甲硝唑凝胶或2%克林霉素阴道乳剂，每天两次，连续5—7天。对于局部用药者，未发现减少早产的发生率。对于这些患者，推荐使用阿莫西椒克拉维酸，该药对革兰氏阳性需氧菌、革兰氏兼性和专性厌氧菌都具有广泛的抗菌性。而且，它对胎儿不产生任何毒副作用。阿莫西林和氨苄西林在治疗泌尿生殖道感染、绒毛膜炎等方面，使用都非常广泛，没有发现对胎儿有不良后果。
